Agaroza

Autor. M. Pastwa

Agaroza jest naturalnym polisacharydem, zbudowanym z pochodnych galaktozy (cukier prosty). Izolowana jest ze ścian komórkowych krasnorostów z rodzajów: Gelidium, Ahnfeltia, Gelidella, Gracillaria i Pterocladia. Agaroza łatwo rozpuszcza się w wodzie (w podwyższonej temperaturze). Po ostudzeniu do temperatury pokojowej tworzy żel (żel agarozowy).

Zastosowanie agarozy

Agaroza jest powszechnie wykorzystywana w biologii molekularnej, w technikach analitycznych i preparatywnych. Żel agarozowy stanowi podłoże do elektroforetycznego rozdzielania kwasów nukleinowych (DNA, RNA) i białek. Agaroza zmodyfikowana chemicznie jest wykorzystywana w chromatografii powinowactwa oraz do unieruchamiania preparatów do sekcji na mikrotomie. Stanowi dobre sito molekularne do rozdziału cząsteczek o różnej wielkości molekuł.

Wykorzystanie agarozy

Dzięki swoim właściwościom może być wykorzystana do rozdziału i separacji różnych związków. Wybarwiony żel agarozowy barwnikami fluorescencyjnymi (np. bromkiem etydyny) pozwala na wizualizację rozdzielanych fragmentów w świetle UV. Żel agarozowy pozwala na:

– (elektroforeza) rozdział fragmentów DNA i RNA,
– analizę produktów reakcji PCR,
– elucję rozdzielonych fragmentów DNA lub RNA z żelu agarozowego (wykorzystanie do sekwencjonowania, po odpowiednim oczyszczeniu),
– zastosowanie w metodzie Southern blot i Northern blot,

Właściwości żelu agarozowego

Oferowana na rynku agaroza posiada szereg ulepszeń, co pozwala na wykorzystanie jej w biologii molekularnej. Istotne, z technicznego punktu widzenia, są następujące parametry:

– wysoka rozdzielczość produktów PCR oraz fragmentów DNA w zakresie 100 -10 000 pz,
– brak obecności DNaz/RNaz, enzymów degradujących kwasy nukleinowe,
– niski punkt topnienia,
– wysoka wytrzymałość żelu (g/cm2),
– niskie tło fluorescencji przy barwieniu bromkiem etydyny.

Żel agarozowy – stężenia robocze

Wyższe stężenie agarozy pozwala na rozdział krótszych fragmentów kwasów nukleinowych:

– żel 0,8 % 800 – 10 000 pz,
– żel 1 % : 400 – 8000 pz,
– żel 1,5 %: 200 – 4000 pz,
– żel 2 %: 100 – 3000 pz,