BAGEL to aplikacja działająca w przeglądarce internetowej, która wyszukuje geny odpowiedzialne za syntezę bakteriocyn u bakterii. Działanie programu opiera się na bazie danych znanych już bakteriocyn oraz kodujących ich sekwencji. Wiele bakteriocyn kodowanych jest przez małe geny, które często pomijane są w dużych programach analizy genomu. Twórcy programu zaimplementowali narzędzie wyszukujące otwarte ramki odczytu korzystając z danych publikacji dotyczących już opisanych mechanizmów wyszukiwania ORF. Ponadto BAGEL bierze pod uwagę kontekst genomiczny, przeszukuje genom otaczający gen kodujący bakteriocynę, w poszukiwaniu genów kodujących białka biorące udział w procesach biosyntezy, transportu, regulacji itp.

Działanie programu można sprawdzić poprzez wybranie z listy zsekwencjonowanych już, gotowych genomów bakteryjnych. Można również importować pliki zawierające sekwencje pochodzące z GenBank'u, pochodzące z bakterii, których genom nie został w pełni zsekwencjonowany.



Następnie wybieramy profil analizy (na każdym etapie możemy skorzystać z pomocy, odnośnik do pomocy znajduje się w widocznym miejscu)



Następnie cierpliwie czekamy na wynik analiz, aplikacja krok po kroku demonstruje nam kolejne etapy działania. Pierwszym wynikiem analizy jest prosta tabela podsumowująca:



Rezultaty możemy obejrzeć w dwóch tabelkach, w pierwszej znajduje się zestawienie wszystkich bakteriocyn, w drugiej każda bakteriocyna opisana jest oddzielnie.


Strona programu:
http://bioinformatics.biol.rug.nl/websoftware/bagel