Bioinformatyka :: Biotechnologia: e-biotechnologia.pl :: Biotechnologiczny Portal Internetowy-aktualności, artykuły, laboratorium, studia biotechnologiczne.

Bioinformatyka

Created by Adam Kuzdraliński on Jun 28, 2011
Last updated by Adam Kuzdraliński on Jun 24, 2012
Categories: Nieprzetłumaczona nazwa

Publikacje w dziale:

Tablica suffixowa - strukturą danych, która jest przeznaczona do wydajnego wyszukiwania dużego tekstu (np. sekwencji DNA),

Odległość Hamminga - mierzy minimalną liczbę podstawień wymaganych by zmienić jeden ciąg w drugi lub liczbę błędów, które zmieniają jeden ciąg w drugi,

Index Farragina Manziniego - metoda indeksowania tekstu, która wymaga znacznie mniej pamięci niż tablica suffixów,

Macierz Farragina Manziniego

Algorytm Needleman-Wunsch - wykonuje globalne dopasowania na dwóch sekwencjach,

Przewidywanie drugorzędowej struktury RNA - Vienna RNA server zawiera pakiet darmowych programów, które umożliwiają przewidywanie struktur drugorzędowych RNA, serwer Vienna RNA jest najprostszym serwerem pomocniczym predykcji struktury tych cząstek,

BAGEL - bakteriocyny - aplikacja działająca w przeglądarce internetowej, która wyszukuje geny odpowiedzialne za syntezę bakteriocyn,

Analiza sekwencji - CLC Free Workbench - darmowy program umożliwiający wyszukanie sekwencji DNA w bazie NCBI oraz jej analizę sekwencji.

FastPCR - do PCR - program przeznaczony głównie do projektowania starterów i sond do reakcji PCR,

Konstrukty genowe - Gene Designer jest programem umożliwiającym budowanie konstruktów genetycznych z wcześniej zdefiniowanych bloków (DNA oraz białek).

Wyszukiwarka sekwencji - program wyposażony w wiele ciekawych funkcji, jeśli chodzi o analizę sekwencji DNA i RNA,

Projektowanie starterów - Primer 3 to najpopularniejszy program do projektowania starterów do reakcji PCR.

Bioinformatyka

Bioinformatyka to interdyscyplinarna dziedzina naukowa zajmująca się sposobami gromadzenia, przekazywania i przetwarzania informacji w układach biologicznych. Łączy ona w sobie elementy biologii molekularnej i strukturalnej, genetyki oraz biochemii. Związana jest także z takimi dziedzinami jak genomika, proteomika, metabolomika i transkryptomika.

Termin bioinformatyka po raz pierwszy został użyty przez Masys'a w 1989 roku. Jej zadaniem jest rozwiązywanie problemów dotyczących nauk przyrodniczych za pomocą technik przetwarzania danych z zakresu matematyki, informatyki i statystyki. Głównym przedmiotem jej badań są kwasy nukleinowe oraz białka.

Do podstawowych zagadnień bioinformatyki należą:
katalogowanie i archiwizowanie informacji biologicznych (tworzenie baz danych takich jak np.NCBI, DDBJ, EMBL), genotypowanie, analiza sekwencji DNA i genomów oraz ich porównywanie, tworzenie tzw. drzew filogenetycznych, czyli ustalanie ewolucyjnych relacji pomiędzy organizmami, analiza ekspresji genów (w tym analiza danych z mikromacierzy) oraz sekwencji białek, analiza dróg metabolicznych oraz dróg sygnałowych, modelowanie układów biologicznych, wirtualne dokowanie (ang. virtual docking) małych fragmentów molekularnych oraz wizualizacja zgromadzonych danych.

Narzędzia bioinformatyczne pomogły między innymi zrealizować projekt poznania ludzkiego genomu (ang. Human Genome Project, HUGO Projekt) czyli odczytać informację genetyczną zawartą w ludzkim genomie.

(406 total words in this text) (17431 Reads)