biotechnologia


 
 

Co można wycisnąć ze zwykłej sekwencji?

Autor artykułu:
Dr Anna Czerwoniec
VitaInSilica
VitaInSilica Sp. z o. o.
Krzemowa 1, Złotniki
62-002 Suchy Las
NIP: 9721237412
REGON: 301973876
www.vitainsilica.pl
office@vitainsilica.pl
Często odbierając wyniki sekwencjonowania konkretnego genu zastanawiacie się co dalej. Oczywiście można wrzucić ją do bazy danych (np. GenBank) albo dodać do publikacji, ale to jest najprostsze rozwiązanie. Przy użyciu narzędzi bioinformatycznych można zrobić dużo więcej.


1. Adnotacja sekwencji nukleotydowej i aminokwasowej.

analiza sekwencji dna


Zbiór podstawowych informacji o sekwencji: długość, organizm, z którego pochodzi, potencjalna funkcja w oparciu o podobieństwo do sekwencji dostępnych w bazach danych. Podobieństwo w kontekście sekwencji homologicznych, rejony konserwowane i ważne pod względem pełnionej funkcji.





2. Identyfikacja motywów i domen.

analiza sekwencji dna


Na podstawie analizy sekwencji pierwszorzędowej możliwa jest identyfikacja charakterystycznych motywów czy konserwowanych domen w białku (np. domeny funkcjonalne, motywy wiążące DNA/RNA, place cynkowe, itd.).





3. Lokalizacja potencjalnych helis transbłonowych.

analiza sekwencji dnaAnalizując sekwencje warto sprawdzić czy występują w niej helisy transbłonowe o charakterystycznym składzie aminokwasowym. Może mamy do czynienia z białkiem budującym kanał transbłonowy.





4. Identyfikacja elementów struktury drugorzędowej.

analiza sekwencji dnaLokalizacja elementów struktury drugorzędowej (alfa-helis i beta-wstęg) jest podstawową analizą na poziomie sekwencji i daje ona podstawowy zbiór informacji.





5. Położenia regionów nieuporządkowanych.

analiza sekwencji dna


Olbrzymia część białek zawiera regiony, które są nieuporządkowane. Regiony nieuporządkowane pozbawione są stabilnej struktury trzeciorzędowej w warunkach natywnych. Funkcja fragmentów nieuporządkowanych w białkach ludzkich łączona jest ze schorzeniami, takimi jak nowotwory, choroby układu krążenia, amyloidoza, choroby neurodegeneracyjne i cukrzyca.







6. Kontakt poszczególnych aminokwasów z rozpuszczalnikiem.

analiza sekwencji dna




Identyfikując, które z aminokwasów są wystawione w stronę rozpuszczalnika, a które są zagrzebane w strukturze jesteśmy w stanie przewidywać funkcję regionów białka. Uzyskana informacja ma również wpływ na jakość modelowanej struktury przestrzennej białka.







7. Obecność potencjalnych oddziaływań białko-RNA/DNA lub białko-białko.

analiza sekwencji dna




Często, aby uzyskać podstawowe informacje na temat biologii analizowanego systemu przewiduje się potencjalne oddziaływania białek z innymi białkami lub kwasami nukleinowymi.





8. Przewidywanie struktury trzeciorzędowej.

analiza sekwencji dna




Przewidywanie struktury trzeciorzędowej umożliwia nam zidentyfikowanie zwoju białka oraz potencjalnych białek homologicznych, na podstawie których będzie można modelować strukturę przestrzenną badanego przez nas białka lub przewidzieć jego funkcję.





9. Budowa modeli przestrzennych białka.

analiza sekwencji dna




Dysponując zestawem powyższych informacji jesteśmy w stanie opracować model przestrzenny białka i zaproponować mechanizmy oddziaływania z innymi białkami, ligandami czy kwasami nukleinowymi.





10. Analizy filogenetyczne.

analiza sekwencji dna


Analizy filogenetyczne to temat bardzo szeroki i wymagający zaawansowanych narzędzi, wiedzy i doświadczenia. Startując od jednej sekwencji jesteśmy w stanie zebrać kolekcję sekwencji homologicznych i przeprowadzić analizy filogenetyczne, które dadzą nam odpowiedź na pytania dotyczące pochodzenia sekwencji czy relacji w rodzinie sekwencji zbliżonych do siebie.






Tego typu dodatkowe analizy danych sekwencyjnych mogą wzbogacić wyniki doświadczalne oraz niejednokrotnie sugerują dalszą drogę projektowania eksperymentu. Otwarte podejście do stosowania narzędzi bioinformatycznych znacząco skraca czas planowania i przeprowadzenia eksperymentu oraz oszczędza pieniądze.

Komentarze

Widok Uszereguj
Tylko zarejestrowani mogą dodawać komentarze. Zarejestruj się/Zaloguj

Podręcznik biotechnologii

Kto jest online

63 gości oraz 0 użytkowników online.

Jesteś niezarejestrowanym lub niezalogowanym użytkownikiem.


 
 
 
Partnerzy:

laboratoria.net Nauka w Polsce Academio Fundacja NanoNet BioCen - BioCentrum Edukacji Naukowej Notatek.pl cebioforum.com materialyinzynierskie.pl Wspieram.to - POLSKI KICKSTARTER - Polska platforma finansowania społecznoœciowego.Tu zrealizujš się Twoje pomysły. VitaInSilica Portal popularnonaukowy

Portal: Redakcja . Współpraca . Kontakt . Polecamy



Wszystkie prawa zastrzeżone 2006-2016 e-biotechnologia.pl
stat4u