Aplikacja Gene-Calc w chwili obecnej oferuje 6 modułów obliczeniowych:
1) Narzędzie do badania zgodności z rozkładem Hardego-Weinberga dla locus biallelicznych.
2) Testy chi-kwadrat niezależności i zgodności.
3) Kalkulator wartości PIC i H (polymorphic information content oraz heterozygosity).
4) Kalkulator dystansu genetycznego.
5) Narzędzia do pracy z sekwencjami nukleotydowymi lub aminokwasowymi.
6) Uczenie Maszynowe
Ważne informacje!
- jedyny dopuszczalna forma liczb zmiennoprzecinkowych zakłada użycie kropek zamiast przecinków np. 0,27 – błędny format, 0.27 poprawny format
- wartości w testach chi-kwadrat nie mogą być ujemne
- sumy frekwencji alleli w locus muszą być równe 1 lub 0
- dystans geometryczny nie może być oszacowany w pewnych przypadkach, więcej informacji w zakładce Materials & Methods
W przypadku gdy dane warunki nie zostaną spełnione aplikacja zwracać będzie błędy.
Ad.1 Narzędzie do badania zgodności z rozkładem Hardego-Weinberga dla locus biallelicznych.
Użytkownik deklaruje liczbę osobników homozygotycznych, heterozygotycznych, homozygotycznych rzadszego typu oraz poziom istotności (alfa) w postaci liczby zmiennoprzecinkowej w zakresie od 0 – 1.
Wyniki przedstawione są w postaci tabeli:
W przypadku, gdy jedna z liczebności = 0, aplikacja dodatkowo wyliczy wartości „p” oraz „chi” z poprawką na ciągłość, więcej w Materials & Methods.
Ad. 2 Testy chi-kwadrat niezależności i zgodności.
W przypadku testu chi-kwadrat niezależności użytkownik musi zdefiniować liczbę kolumn (grup) i wierszy (zmiennych).
Następnie wprowadza badane wartości.
Wyniki przedstawione są w formie tabeli:
W przypadku testu chi-kwadrat zgodności, użytkownik definiuje jedynie liczbę grup dla dwóch zmiennych wartości (oczekiwanych i obserwowanych).
Wyniki zwracane są w postaci tabeli:
Ad.3 Kalkulator wartości PIC i H.
Użytkownik musi zdefiniować typ markera użytego do uzyskania wyników:
Dla markera o charakterze dominującym możliwe jest obliczenie wartości PIC tylko w przypadku loci biallelicznych (możliwe przekształcenia dostępne w zakładce Materials & Methods). Użytkownik wprowadza liczbę lub frekwencję przypadków gdy dany marker ulegał amplifikacji (homozygoty lub heterozygoty) oraz liczbę lub frekwencję przypadków gdy marker nie ulegał amplifikacji (homozygoty drugiego typu).
Dla markerów o charakterze kodominującym użytkownik musi określić liczbę uwzględnionych alleli występujących w danym locus. Następnie wprowadza liczebność lub frekwencję każdego z alleli. Wynikiem są wartości PIC i H.
Ad.4 Dystans genetyczny.
Użytkownik definiuję liczbę uwzględnianych populacji (taksonów) oraz loci, typ dystansu oraz rodzaj dendrogramu.
Następnie określa liczbę alleli w każdym locus (w zakresie od 1 do n). Ostatnim korkiem jest zdefiniowanie frekwencji poszczególnych alleli w populacjach.
Aplikacja zwraca wyniki w postaci macierzy dystansów oraz dendrogramu:
Ad.5 Narzędzia do pracy z sekwencjami.
a) Dot-plot - użytkownik wprowadza sekwencje w postaci „surowych danych”
Lub w postaci numerów akcesyjnych GenBank:
Wynik występuje w formie:
b) Narzędzie do otrzymywania sekwencji konsensusowej
Użytkownik wprowadza zbiór sekwencji w postaci: danych surowych w formacie FASTA (polecane dla małego zestawu danych) (1), pliku zbiorczego w formacie FASTA (2) lub przez wprowadzenie numerów akcesyjnych GenBanku (3):
1.
2.
3.
W przypadku wprowadzania danych w formatach 2) i 3) sekwencja konsensusowa zwracana jest bezpośrednio do użytkowania w postaci pliku FASTA, w przypadku danych w formacie 1) sekwencja konsensusowa wyświetlana jest w przeglądarce. Notatnik dostępny w wszystkich edycjach systemu operacyjnego Microsoft Windows nie jest wstanie poprawnie odczytać formatowania tego pliku, do pracy z plikami .fasta polecamy program MEGA.
c) Narzędzie do obrabiania sekwencji. Użytkownik wprowadza sekwencje lub ich zbiór w formacie FASTA, następnie wybiera rodzaj transformacji.
Ad.6 Uczenie maszynowe
Moduł umożliwiający trenowanie i rozwój modeli uczenia maszynowego:
APMC
How to use
Documentation
Odnośnik do aplikacji: Gene calc
