biotechnologia


 
 

Gene Calc

Aplikacja Gene-Calc w chwili obecnej oferuje 5 modułów obliczeniowych:
1) Narzędzie do badania zgodności z rozkładem Hardego-Weinberga dla locus biallelicznych.
2) Testy chi-kwadrat niezależności i zgodności.
3) Kalkulator wartości PIC i H (polymorphic information content oraz heterozygosity).
4) Kalkulator dystansu genetycznego.
5) Narzędzia do pracy z sekwencjami nukleotydowymi lub aminokwasowymi.

Ważne informacje!
- jedyny dopuszczalna forma liczb zmiennoprzecinkowych zakłada użycie kropek zamiast przecinków np. 0,27 – błędny format, 0.27 poprawny format
- wartości w testach chi-kwadrat nie mogą być ujemne
- sumy frekwencji alleli w locus muszą być równe 1 lub 0
- dystans geometryczny nie może być oszacowany w pewnych przypadkach, więcej informacji w zakładce Materials & Methods
W przypadku gdy dane warunki nie zostaną spełnione aplikacja zwracać będzie błędy.


Ad.1 Narzędzie do badania zgodności z rozkładem Hardego-Weinberga dla locus biallelicznych.

Użytkownik deklaruje liczbę osobników homozygotycznych, heterozygotycznych, homozygotycznych rzadszego typu oraz poziom istotności (alfa) w postaci liczby zmiennoprzecinkowej w zakresie od 0 – 1.

Wyniki przedstawione są w postaci tabeli:

W przypadku, gdy jedna z liczebności = 0, aplikacja dodatkowo wyliczy wartości „p” oraz „chi” z poprawką na ciągłość, więcej w Materials & Methods.


Ad. 2 Testy chi-kwadrat niezależności i zgodności.

W przypadku testu chi-kwadrat niezależności użytkownik musi zdefiniować liczbę kolumn (grup) i wierszy (zmiennych).
Następnie wprowadza badane wartości.
Wyniki przedstawione są w formie tabeli:

W przypadku testu chi-kwadrat zgodności, użytkownik definiuje jedynie liczbę grup dla dwóch zmiennych wartości (oczekiwanych i obserwowanych).

Wyniki zwracane są w postaci tabeli:



Ad.3 Kalkulator wartości PIC i H.

Użytkownik musi zdefiniować typ markera użytego do uzyskania wyników:

Dla markera o charakterze dominującym możliwe jest obliczenie wartości PIC tylko w przypadku loci biallelicznych (możliwe przekształcenia dostępne w zakładce Materials & Methods). Użytkownik wprowadza liczbę lub frekwencję przypadków gdy dany marker ulegał amplifikacji (homozygoty lub heterozygoty) oraz liczbę lub frekwencję przypadków gdy marker nie ulegał amplifikacji (homozygoty drugiego typu).

Dla markerów o charakterze kodominującym użytkownik musi określić liczbę uwzględnionych alleli występujących w danym locus. Następnie wprowadza liczebność lub frekwencję każdego z alleli. Wynikiem są wartości PIC i H.



Ad.4 Dystans genetyczny.

Użytkownik definiuję liczbę uwzględnianych populacji (taksonów) oraz loci, typ dystansu oraz rodzaj dendrogramu.

Następnie określa liczbę alleli w każdym locus (w zakresie od 1 do n). Ostatnim korkiem jest zdefiniowanie frekwencji poszczególnych alleli w populacjach.

Aplikacja zwraca wyniki w postaci macierzy dystansów oraz dendrogramu:


Ad.5 Narzędzia do pracy z sekwencjami.

a) Dot-plot - użytkownik wprowadza sekwencje w postaci „surowych danych”

Lub w postaci numerów akcesyjnych GenBank:

Wynik występuje w formie:

b) Narzędzie do otrzymywania sekwencji konsensusowej
Użytkownik wprowadza zbiór sekwencji w postaci: danych surowych w formacie FASTA (polecane dla małego zestawu danych) (1), pliku zbiorczego w formacie FASTA (2) lub przez wprowadzenie numerów akcesyjnych GenBanku (3):
1.

2.

3.

W przypadku wprowadzania danych w formatach 2) i 3) sekwencja konsensusowa zwracana jest bezpośrednio do użytkowania w postaci pliku FASTA, w przypadku danych w formacie 1) sekwencja konsensusowa wyświetlana jest w przeglądarce. Notatnik dostępny w wszystkich edycjach systemu operacyjnego Microsoft Windows nie jest wstanie poprawnie odczytać formatowania tego pliku, do pracy z plikami .fasta polecamy program MEGA.
c) Narzędzie do obrabiania sekwencji. Użytkownik wprowadza sekwencje lub ich zbiór w formacie FASTA, następnie wybiera rodzaj transformacji.



Odnośnik do aplikacji: Gene calc

Podręcznik biotechnologii

Kto jest online

312 gości oraz 0 użytkowników online.

Jesteś niezarejestrowanym lub niezalogowanym użytkownikiem.


 
 
 
Partnerzy:

laboratoria.net Nauka w Polsce Academio Fundacja NanoNet BioCen - BioCentrum Edukacji Naukowej Notatek.pl cebioforum.com materialyinzynierskie.pl Wspieram.to - POLSKI KICKSTARTER - Polska platforma finansowania społecznoœciowego.Tu zrealizujš się Twoje pomysły. Portal popularnonaukowy

Portal: Redakcja . Współpraca . Kontakt . Polecamy



Wszystkie prawa zastrzeżone 2006-2016 e-biotechnologia.pl
stat4u