biotechnologia


 
 

Urea-PAGE

elektroforeza białek IBB PAN PRZEDRUK, oryginał dostępny pod adresem www
Fragment skryptu: Biologia molekularna roślin

Uniwersytet Warszawski (www)
Instytut Biochemii i Biofizyki PAN (www)
Zakład Biologii Molekularnej Roślin (www)
Kierownik Zakładu: Prof. dr hab. Andrzej Jerzmanowski

Adres:
ul. Pawińskiego 5a,
02-106 Warszawa
Kontakt: tel. (+48 22) 592 5704,
E-mail: andyj@ibb.waw.pl


Zakład Biologii Molekularnej Roślin

Problematyka badawcza: Rola struktury chromatyny w regulacji rozwoju roślin oraz w odpowiedzi na czynniki stresowe i hormonalne. Prowadzone aktualnie badania mają na celu poznanie funkcji roślinnych kompleksów remodelujących chromatynę, histonu H1 i modyfikacji potranslacyjnych histonów rdzeniowych, a także opisanie proteomu jądrowego rośliny modelowej Arabidopsis thaliana.
Stosowane techniki: Większość metod biologii molekularnej, metody biochemii białek, analiza proteomiczna (mass-spec) i transkryptomiczna (mikromacierze), genetyka Arabidopsis thaliana (konstrukcja i analiza mutantów), metody bioinformatyczne.
_______________________________________________________________________________


Podobnie jak SDS-PAGE, elektroforeza białek w żelach poliakrylamidowych w obecności mocznika (Urea-PAGE) jest techniką denaturującą białka. Podobnie jak SDS, mocznik niszczy struktury białkowe wyższego rzędu, jednakże nie wpływa on na sumaryczny ładunek elektryczny białka. Tempo migracji białek zależy więc zarówno od ich masy jak i ładunku. Technika ta bywa stosowana jako alternatywa dla SDS-PAGE podczas rozdziału białek błonowych, które mimo obecności SDS pozostają w formie nierozpuszczonej.


Modyfikacje metody Urea-PAGE


Modyfikacją metody Urea-PAGE jest AU-PAGE (ang. Acidic Urea PAGE), czyli elektroforeza białek w obecności mocznika i kwasu octowego. Technika ta pozwala na rozdział elektroforetyczny białek o właściwościach zasadowych, głównie histonów. Niskie pH buforów używanych podczas elektroforezy (pH = 3) sprawia, że analizowane białka występują w formie protonowanej, zaś wielkość wypadkowego dodatniego ładunku elektrycznego zależy od liczby reszt aminokwasów zasadowych (głównie arginin i lizyn).

Ponieważ białka występują w postaci kationów, rozdział elektroforetyczny prowadzi się w kierunku katody (elektroda „-”). W technice AU-PAGE tempo migracji zależy zarówno od ładunku jak i masy danego białka. Wrażliwość na sumaryczny ładunek białka jest tak wysoka, że nawet utrata jednej grupy funkcyjnej o charakterze zasadowym (np. w wyniku modyfikacji potranslacyjnych, takich jak acetylacja lizyny) lub uzyskanie grupy funkcyjnej o wyraźnych właściwościach kwasowych (np. w wyniku fosforylacji seryny) może, w przypadku niektórych małych białek (np. histonu H4), być widoczna w postaci wyraźnego przesunięcia prążka na żelu.

Technikę AU-PAGE można stosować w formie układu nieciągłego (analogami anionów chlorkowego i glicynianowego są odpowiednio kation amonowy i kation glicyniowy) lub ciągłego (stosowane dla bardzo małych białek i peptydów lub białek które nie ulegają rozdziałowi po zatężeniu). Podczas rozdziału w układzie ciągłym, przed właściwą elektroforezą przeprowadza się tzw. pre-elektroforezę, czyli przykłada się napięcie do „pustego” żelu w celu usunięcia z niego kationów amonowych, które powodowałyby zatężanie próbki.

Polimeryzacja żeli w AU-PAGE

Czynnikami inicjującym polimeryzację żeli do AU-PAGE mogą być układy APS/TEMED lub ryboflawina/TEMED. Stosowanie APS jest jednak kłopotliwe, ponieważ w warunkach niskiego pH kataliza rozkładu APS przez TEMED jest mało wydajna, co prowadzi do długotrwałej polimeryzacji żelu. Ponadto, obecność jonów powstałych w wyniku rozkładu APS zaburza zatężanie białek w układach nieciągłych. W układzie ryboflawina/TEMED polimeryzacja jest indukowana przez promienie UV lub silne źródło światła.

Komentarze

Widok Uszereguj
Tylko zarejestrowani mogą dodawać komentarze. Zarejestruj się/Zaloguj

Podręcznik biotechnologii

Kto jest online

217 gości oraz 0 użytkowników online.

Jesteś niezarejestrowanym lub niezalogowanym użytkownikiem.


 

Facebook

Gadżety

Sklep e-biotechnologia.pl
Tematyczne kubki, koszulki, bluzy etc.


Zapraszamy do sklepu

Na skróty

Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego Narodowe Centrum Nauki Narodowe Centrum Badań i Rozwoju Ośrodek Przetwarzania Informacji PAP - Nauka w Polsce Forum Akademickie Fundacja na rzecz Nauki Polskiej Wirtualna Biblioteka Nauki Scopus NCBI PubMed Nature Science Cell

 
 
Partnerzy:

laboratoria.net Nauka w Polsce Academio Fundacja NanoNet BioCen - BioCentrum Edukacji Naukowej Notatek.pl cebioforum.com materialyinzynierskie.pl Wspieram.to - POLSKI KICKSTARTER - Polska platforma finansowania społecznoœciowego.Tu zrealizujš się Twoje pomysły. VitaInSilica Portal popularnonaukowy

Portal: Redakcja . Współpraca . Kontakt . Polecamy



Wszystkie prawa zastrzeżone 2006-2016 e-biotechnologia.pl
stat4u