<img src="http://e-biotechnologia.pl/obrazki/agaroza.jpg" ALIGN="left" alt="agaroza" HSPACE=10 VSPACE=10/>Autor. M. Pastwa


Agaroza jest naturalnym polisacharydem, zbudowanym z pochodnych galaktozy (cukier prosty). Izolowana jest ze ścian komórkowych krasnorostów z rodzajów: Gelidium, Ahnfeltia, Gelidella, Gracillaria i Pterocladia. Agaroza łatwo rozpuszcza się w wodzie (w podwyższonej temperaturze). Po ostudzeniu do temperatury pokojowej tworzy żel (żel agarozowy).

Zastosowanie agarozy

Agaroza jest powszechnie wykorzystywana w biologii molekularnej, w technikach analitycznych i preparatywnych. Żel agarozowy stanowi podłoże do elektroforetycznego rozdzielania kwasów nukleinowych (DNA, RNA) i białek. Agaroza zmodyfikowana chemicznie jest wykorzystywana w chromatografii powinowactwa oraz do unieruchamiania preparatów do sekcji na mikrotomie. Stanowi dobre sito molekularne do rozdziału cząsteczek o różnej wielkości molekuł.

Wykorzystanie agarozy

Dzięki swoim właściwościom może być wykorzystana do rozdziału i separacji różnych związków. Wybarwiony żel agarozowy barwnikami fluorescencyjnymi (np. bromkiem etydyny) pozwala na wizualizację rozdzielanych fragmentów w świetle UV. Żel agarozowy pozwala na:

- (elektroforeza) rozdział fragmentów DNA i RNA,
- analizę produktów reakcji PCR,
- elucję rozdzielonych fragmentów DNA lub RNA z żelu agarozowego (wykorzystanie do sekwencjonowania, po odpowiednim oczyszczeniu),
- zastosowanie w metodzie Southern blot i Northern blot,

Właściwości żelu agarozowego

Oferowana na rynku agaroza posiada szereg ulepszeń, co pozwala na wykorzystanie jej w biologii molekularnej. Istotne, z technicznego punktu widzenia, są następujące parametry:

- wysoka rozdzielczość produktów PCR oraz fragmentów DNA w zakresie 100 -10 000 pz,
- brak obecności DNaz/RNaz, enzymów degradujących kwasy nukleinowe,
- niski punkt topnienia,
- wysoka wytrzymałość żelu (g/cm2),
- niskie tło fluorescencji przy barwieniu bromkiem etydyny.

Żel agarozowy - stężenia robocze

Wyższe stężenie agarozy pozwala na rozdział krótszych fragmentów kwasów nukleinowych:

- żel 0,8 % 800 – 10 000 pz,
- żel 1 % : 400 – 8000 pz,
- żel 1,5 %: 200 – 4000 pz,
- żel 2 %: 100 – 3000 pz,