Najpopularniejszy chyba program do projektowania starterów. Jego największą zaletą jest forma i prostota obsługi. Program obsługuje się na stronie WWW, nie wymaga ściągania, ani instalacji. Właściwie program ten nie posiada żadnej grafiki oraz dodatkowych funkcji. Jest przeznaczony do jednego, ściśle określonego zastosowania. Jednak jeśli chodzi o projektowanie starterów, to Primer3 oferuje nam naprawdę sporo różnorakich opcji. Poczynając od różnych sposobów podania sekwencji dla której mają być zaprojektowane startery, poprzez nasze ogólne oczekiwania co do primerów (wielkość, temperatura topnienia – zarówno dla starterów, jak i dla produktów, %GC, komplementarność itd.) aż po bardzo dokładne ustawienia parametrów dla starterów, ich par oraz hybryd.
W tej chwili programiści oferują nam sprawdzoną, stabilną wersję Primer3 0.3.0 http://frodo.wi.mit.edu/primer3/input.htm oraz nową wersję testową 0.4.0 http://fokker.wi.mit.edu/primer3/input-040.htm. Główna strona programu, gdzie można znaleźć wszelkie dokładniejsze informacje oraz kody źródłowe:
http://primer3.sourceforge.net/.
Ponadto istnieje również wersja tego programu w ulepszonej szacie graficznej i większej przejrzystości, o nazwie Primer3Plus. Znaleźć ją można na stronie: http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi.
Do ściągnięcia jest też obszerna instrukcja obsługi Primer3 (w jęz. angielskim):
http://jura.wi.mit.edu/rozen/papers/rozen-and-skaletsky-2000-primer3.pdf (9,8 MB).