Witam,
Chciałbym wam zaprezentować program, który samemu stworzyłem. Nazywa się on "biotranslator" i mam nadzieję, że będzie on dla was bardzo przydatny. Głównym jego zadaniem jest bardzo proste tłumaczenie sekwencji zasad azotowych na sekwencję reszt aminokwasowych w peptydzie, sekwencję komplementarnego RNA, DNA, czy przeprowadzanie akcji Reverse Complement. Główną zaletą tego programu jest intuicyjna obsługa i to, że podana sekwencja nie musi być uprzednio przygotowywana (dowolny format, może być porozdzielana spacjami, enterami, tabulatorami). Na dzień dzisiejszy przygotowałem do testów publicznych wersję beta (może zawierać jeszcze kilka błędów). Można z niej korzystać do końca listopada. Liczę na to, że pobierzecie program i napiszecie mi co należałoby w nim jeszcze poprawić. Dostępne są trzy wersje:
Windows:
http://www.4shared.com/get/xpH9g6HB/biotranslator_kompil_windows_0.html
Linux:
http://www.4shared.com/get/8MfpvtwV/biotranslator_kompil_linux_092.html
Universal (wymaga interpretera Pythona):
http://www.4shared.com/get/_czWmKo9/biotranslator_kompil_universal.html
Wszelkie dodatkowe informacje znajdziecie w pliku readmy.pdf. Przed końcem listopada w oparciu o wasze opinie postaram się przygotować kolejną, poprawioną wersję beta.
Pozdrawiam
Posted: 02.11.2010, 20:58
registered:
November 2008
Status:
offline
last visit:
Posts:
90
bardzo ciekawy projekt.
Autorze, jesteś studentem, pracownikiem naukowym, doktorantem? Napisz coś o sobie, na pewno wszyscy sa ciekawi kto za tym programem stoi:)
pobawiłem się chwilkę wersją windowsową. Nie będę się skupiał na +, bo to Cie nie interesuje, a więc minusy, błędy, uwagi:
- raportowanie o nieprawidłowej zasadzie - tylko w przypadku translacji. Po wstawieniu dowolnej litery z polskimi ogonkami błąd raportowany jest już równiez przy pozostałych poleceniach, ale za to nie podaje w okienku o błędzie litery tej nieprawidłowej zasady. W komunikacie o błędzie podaje tylko pierszą błędną zasadę. Albo proponuję wstawiać wszystkie albo zakomunikować, że to pierwsza błędna litera..czyli generalnie problem z raportowaniem błędów;
- bardzo często znika kursor myszy w oknie programu - dość irytujący problem;
- brakuje funkcji zamiany białka na sekwencję nukleotydową, może się przydać;
- bardzo duża waga programu. Wiem, że muszą się wszystkie biblioteki załadować, ale może niektóre dll'ki mogą się z windowsa ładować (ale się nie upieram, bo niewiele na ten temat wiem);
- obrazki z materiałów dodatkowych są za mocno skompresowane i to widać. Skoro i tak program ma 15 MB to dodatkowe 800 kb na obrazki nie powinno zaszkodzić. Ewentualnie spróbuj z formatem *.png.
Kto rano wstaje ten śpi po południu
Posted: 03.11.2010, 15:08
registered:
November 2010
Status:
online
Posts:
4
Witam,
Dziękuję za szybką odpowiedź. Przygotowywanie nowej bety jest już w toku i na pewno uwzględnie wszelkie sugestie. Jestem studentem 5 roku biotechnologii w Gdańsku (UG-GUMed). A więc przechodzę do twoich uwag:
1. Nieprawidłowa zasada jest zawsze raportowana, ale zauważ, że w przypadkach innych niż translacja obsługiwane są także zasady niedookreślone: R,Y,W,M,K,S,H,V,B,D,N. Co dana litera określa opisane jest w materiałach dodatkowych. Pokazywana jest tylko pierwsza nieprawidłowa zasada (stwierdziłem, że nie ma sensu, liczyć resztę sekwencji, skoro to coś wrzuconego do obróbki na pewno nie jest sekwencją). Faktycznie zauważyłem, że polskie znaki diakrytyczne nie są pokazywane - naprawię to. Sprecyzuję też, że chodzi tylko o pierwszy nieprawidłowy znak.
2. Nie spotkałem się z tym problemem i niestety nie mam na to wpływu - mój program w ogólne nie zajmuje się obsługą kursora - powinien być zwykły kursor systemowy.
3. A jakbyś to widział? Pamiętaj, że jeden aminokwas jest kodowany przez więcej niż jeden kodon.
4. To jest teraz mój priorytet - nie jest łatwo ustalić, czy dana biblioteka jest niezbędna dla Windows XP, Vista i 7 (32 i 64 bitowe), czy już nie, ale wydaje mi się, że po dogłębnym zbadaniu sprawy uda się zredukować wagę programu przynajmniej o połowę.
5. Obrazki są na razie tylko robocze (z Wikipedii). W finalnej wersji programu będą już autorskie - wysokiej jakości.
Pozdrawiam
napisany przez: makson, 03-11-2010 - 15:09
Posted: 05.11.2010, 19:31
registered:
November 2008
Status:
offline
last visit:
Posts:
90
ok, może się rozpędziłem z tymi aminokwasami. Mi by się czasem taki skrypt przydał;)
co planujesz zrobić z programem, chcesz go sprzedawać?
Kto rano wstaje ten śpi po południu
Posted: 05.12.2010, 20:53
registered:
November 2010
Status:
online
Posts:
4
Ponieważ program cieszy się małym zainteresowaniem, to przynajmniej na razie będę go rozdawał za darmo (z czasowym ograniczeniem).
Nowa, przełomowa wersja jest już gotowa i niedługo zamieszczę ją tutaj. Miała się ukazać przed początkiem grudnia, ale z powodu olbrzymich trudności w kompilacji wersji na Windowsa (jak ja nie lubię tego systemu...) opóźni się o kilka dni.
Pozdrawiam
Posted: 08.12.2010, 18:31
registered:
November 2010
Status:
online
Posts:
4
Mam przyjemność ogłosić wydanie nowej wersji mojego programu biotranslator0.9.3_beta3.
Wersja dla Windowsa:
http://www.4shared.com/file/2NvMhRER/biotranslator_kompil_windows_0.html
Wersja dla Linuksa:
http://www.4shared.com/file/Ckjj7xx4/biotranslator_kompil_linux_093.html
Skrócona wersja zmian:
-Opcja w Ustawieniach odnośnie pojawiania się okienka z informacjami o translacji.
-W menu pomoc możliwość pisania opinii o programie.
-Poprawiono komunikat o nieprawidłowych zasadach azotowych.
-Wstępna wersja możliwości pracy bezpośrednio na plikach.
-W Opcjach ? wybór ignorowanych znaków.
-Znaki diakrytyczne pokazują się jako zła zasada azotowa.
-Kolorowanie peptydów (niebieskie). +
-Wymiana 1 zdjęcia z Wikipedii na autorskie, lepszej jakości.
-Zlikwidowano błąd pojawiający się przy wyłączaniu wersji ?Windows?.
-Zmniejszenie rozmiaru wersji "Windows" do niecałych 8,5MB.
-Wersje ?Windows? spakowana Zipem.
-Python 2.7 ? tylko Linux; wersja "Windows" pozostaje na razie na Python 2.6.6
Wersji tej można używać w dowolnym celu do końca grudnia.
Wszelkie zgłoszenia dotyczące programu można już robić przez Aplikację (Pomoc->Napisz opinię o programie).
Jednocześnie informuję, że kolejna wersja jest już w przygotowaniu.
Pozdrawiam.
Zainteresowanych szkoleniami z bioinformatyki zachęcamy do wpisania się do formularza:
Biotechnologia w rolnictwie
